In Naruto: Ultimate Ninja Storm vecht je op acrobatische wijze in driedimensionale omgevingen. Hoe je precies vecht, bepaal je zelf met de mogelijkheid om de vechtstijl van je personage aan te passen.

Bovendien kun je zelf twee vechters kiezen die je team komen versterken. Elk van de 25 personages in Naruto: Ultimate Ninja Storm heeft bijzondere “Awakening”-krachten waardoor ze onder de juiste omstandigheden nieuwe kenmerken en talenten krijgen.